Dans les deux derniers épisodes, on nous indique que le plan est mis à exécution, et que l'on prend comme cas d'étude Shinji. On nous indique aussi que le coeur humain n'est pas "complet", qu'en effet le coeur humain ressent un besoin. Ce besoin,  ne peut qu'être satisfait qu'en se complétant mutuellement ainis grâce à ses congénères. Néanmoins, la réponse finale de Shini est grosso modo, "je veux rester vivre avec vous (ceux de la nerv), j'ai enfin réussi à m'aimer et à aimer les autres."

Qu'est-ce que le plan de complémentarité ? Mais oui c'est vrai, qu'est-ce que c'est ?

*Hanai ouvre son livre, ajuste ses lunettes et prend une voix de professeur.*

Il y aurait énormément à dire sur le plan de complémentarité, mais je vais faire simple car : 1) sinon j'y suis encore dans mille ans, 2) je n'ai pas toutes les réponses et 3) c'est bien plus agréable de trouver les réponses soi-même

Le plan de complémentarité est un immense projet orchestré par la SEELE. En mettant la main sur les manuscrits de la mer morte, manuscrits qui annonçaient entre autres le second impact et le retour des anges, cette "secte" s'est rendu compte que l'humanité courrait à sa perte du fait de la présence des AT-Fields de chacun. Afin d'y remédier, les "vieillards" ont mis au point un processus qui permettra à toute l'humanité d'atteindre une forme "supérieure" d'existence, en fusionnant en une entité unique et éternelle.
Les détails techniques du plan sont complexes mais disons que les ingrédients essentiels de la réussite sont :

1) l'ange Lilith prisonnier dans le Terminal Dogma et mère de l'humanité.
2) l'ange Adam, mère des Anges.
3) un humain créé à partir d'un de ces deux anges.

Le truc se complique encore plus lorsque l'on découvre au cours de la série que l'ambition de la SEELE est entrée en conflit avec celle de Gendo Ikari qui veut organiser le plan de complémentarité à sa manière, afin de pouvoir retourner auprès de sa femme Yui.
Comme il possède toutes les cartes en main (Lilith, Adam, Rei), la SEELE envoie Kaoru pour réaliser leur projet en se substituant à Rei. Ca rate et Kaoru est tué. C'est la fin de l'episode 24 (je crois).

A partir de là les routes divergent légèrement entre la série et le film The End of Evangelion mais il y a de nombreux points communs. Pour commencer, la SEELE (qui a perdu Kaoru) va attaquer le QG de la Nerv pour récupérer Lilith and Co. Pendant ce temps là, Gendo va chercher Rei et lui annonce que le jour est venu, et que ce pourquoi elle est née va se réaliser. Je passe sur les détails qui  suivent mais on en arrive au moment où Shinji, au sein de l'Evangelion 01 se retrouve au coeur du plan de complémentarité de l'homme. De son choix dépendra le sort de l'humanité. En gros, soit il choisit la réunion des coeurs (qui sont incomplets à cause des AT-Fields qui empechent les gens de se comprendre) et l'humanité fusionne en une entité unique, soit il refuse de voir son coeur complété et tout le monde retourne à une existence "normale".

Dans un premier temps, Shinji, ne supportant plus que tout le monde le déteste ou ne "l'apprécie" que parce qu'il est le pilote de l'EVA01, choisit la réunion des coeurs. Il découvre alors un monde sans soufrance, sans bordures ni frontières, où tous les êtres ne font qu'un physiquement et mentalement.
Mais, il comprend que dans un tel monde (bien qu'étant extrêmement libre), il est incapable de se définir lui-même (puisqu'il ne possède plus l'image des autres pour s'y réferer). En un sens, il n'existe plus. Il comprend également qu'il lui est possible de trouver un sens à son existence autre que "pilote d'Eva" et finit par rejeter le plan de complémentarité lorsqu'il comprend que personne ne l'a jamais detesté. Il accepte alors le retour de la barrière des coeurs et offre ce choix à l'ensemble de l'humanité.
Le plan de complémentarité a échoué.