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A l'aube du XXIe siècle, une prophétie annonce que les sceaux magiques disposés à Tokyo seront bientôt brisés, ce qui précipitera la fin du Monde. Cette catastrophe ne pourra être empêchée que par les Dragons du Ciel, sept magiciens venus de tout le Japon dont le destin est de protéger la ville et ses habitants. Il également écrit que les Dragons du Ciel seront opposés aux Dragons de la Terre, d'autres magiciens qui eux cherchent à précipiter l'Apocalypse.

Kamui Shiro est un jeune homme doté de puissants pouvoirs. A son retour à Tokyo, il découvre que son destin est de choisir entre un des deux camps et de le mener à la victoire. Mais la prophétie n'a pas livrée tout ses secrets...