Généralement, je décompose mes calques de la manière suivante: corps (nu), visage, fonds des yeux, cheveux, vêtement, éléments du décors ...Etc, tout en sachant que plus la partie dont je traite est complexe, plus je décompose en calques. Par exemple pour les cheveux, j'ai un calque pour le contour, un pour la teinte (voir plusieurs si je fais de la couleur dégradée) et un pour les reflets. Quand je superpose des traits, par exemple la chemise et le soutif, je fais aussi deux calques pour préserver les deux parties en cas d'erreur. Ca paraît bordélique comme ça, mais j'ai pris cette habitude de décomposer à mort quand j'utilisais beaucoup Photoshop pour faire des skins pour ma team de Simracing.
C'est aussi très pratique si tu veux tester deux choses différentes avant de te décider (deux soutifs différents par exemple). C'est d'ailleurs comme ça que j'ai procédé lorsque j'ai modifié le regard. Cette méthode me sert en quelque sorte de sauvegarde.